2008.gada 12.maijā VNĪ nodibināja atsevišķu kapitālsabiedrību VANĪ, kuras mērķis bija, atbilstoši veselības aprūpes nozares interesēm, nodrošināt veselības aprūpes sistēmas vajadzībām izmantojamā valsts nekustamā īpašuma efektīvu pārvaldīšanu, apsaimniekošanu un būvniecību. Starp nekustamo īpašumu lietotājiem/ nomniekiem bija gan veselības aprūpes pakalpojumu sniedzēji (VSIA „Paula Stradiņa klīniskā universitātes slimnīca”, Valsts asinsdonoru centrs, Nacionālais veselības dienests, Veselības inspekcija, Slimību profilakses un kontroles centrs u.c.), gan valsts institūcijas, kuru darbības nodrošināšana ir svarīga gan valsts vai pašvaldības administratīvajai attīstībai un valsts drošībai.
2016. gada sākumā VNĪ veica VANĪ darbības izvērtējumu un secināja, ka VANĪ un VNĪ darbības mērķi ir līdzīgi un, no finanšu resursu racionāla izmantošanas viedokļa, nav pamata VNĪ saglabāt līdzdalību VANĪ.
Pamatojoties uz VNĪ veikto izvērtējumu, Ministru kabinets 2016. gada 16. augustā pieņēma rīkojumu Nr. 442 „Par atļauju izbeigt līdzdalību un uzsākt reorganizāciju”, saskaņā ar kuru Ministru kabinets, pamatojoties uz Publiskas personas kapitāla daļu un kapitālsabiedrību pārvaldības likuma 9.panta otro un ceturto daļu un 118.panta otro daļu, atļāva VNĪ izbeigt līdzdalību VANĪ un uzsākt VNĪ un VANĪ reorganizāciju, VANĪ pievienojot VNĪ.
30.12.2016. tika pabeigts VANĪ un VNĪ reorganizācijas process un VANĪ tika izslēgta no komercreģistra.
